1 区域经济研究：区域资源要素配置、区域经济建设布局、区域空间结构优化调整、区域转型发展与体制机制创新、区域统筹与跨区域分工合作、区域内特色资源开发利用、区域经济发展战略与规划、区域特征分析、目标系统与政策、手段、产业结构演进、人口增长与移动、城市建设与布局等领域。
2 城市发展研究：重点研究城市经济、城市建设、城市管理、城市化进程等多个领域。如城市发展战略、城市规划布局、产业结构调整、城市基础设施、区域经济与城市、城市科技文化及城市交通、环境、企业发展、历史名城与文化遗产保护、旧城与古城镇保护改造、自然与文化遗产保护、新型城镇化与小城镇发展规划、城市生态文明建设、水资源与节水、房地产与住房保障政策、城市人口与流动人口、城市应急管理等。
3 城乡规划研究：重点开展城乡经济、城乡交通、城乡文化、城乡景观、城乡公共环境、公共设施配套与基础设施布局和新农村建设等有关问题的研究，以城乡建设与城乡产业发展研究为基础，以促进城乡发展与社会可持续发展为中心，以研究报告、会议研讨、培训服务为渠道，为政府各级部门提供咨询服务和决策支持。
4 环保产业研究：开展全国环保产业调查与研究；环境保护技术咨询与推广；协助国家有关部门制订国家环境保护产业发展规划、技术政策、行业标准等；为企业提供技术、设备、市场信息；组织实施环保产业领域的产品认证、工程示范；组织合作交流活动，帮助各大企事业单位提供政策咨询和技术咨询。
5 信息安全研究：致力于提供国内外领先的信息安全服务，为各企事业单位提供信息安全工程建设监理服务，帮助各单位全面提升其信息化基础设施的安全性、稳定性和生产效能，并积极开展前瞻性信息安全和密码技术的交流与合作，为推进我国信息安全行业的发展贡献应有的力量。
6 廉政建设研究：团结各级纪检、监察、检察工作者，不定期开展有关预防腐败的专项课题；开展廉政与预防腐败研讨、培训；积极探索反腐方式，积极参与全国各级政府的廉政建设工作。
7 社会发展研究：进行经济和人文协调发展的中长期战略规划；对中国经济社会发展中的重大理论和实际问题，深入开展调查研究，探讨解决方案，提出政策建议；为经济社会发展提供建设性、指导性的咨询议案，对一些经济社会发展决策项目开展咨询活动；根据经济社会发展的需要，有针对性地召开研讨会、报告会与座谈会；不定期举办交流会、学术讲座、研讨会等，交流学术与科研成果。
8 现代服务业研究：围绕现代服务业发展规划、服务外包、可持续发展等领域，深入调查我国现代服务业的发展现状、对比研究国内外现代服务业的发展模式、发展趋势和发展战略，提出现代服务业发展水平的评估指标体系和评估方法，分析我国现代服务业的发展趋势，重点推进信息消费服务、生产性服务、新兴服务业，为促进现代服务业发展提供决策建议，为我国现代服务业的发展，在决策、发展上担当起智囊团与探索者的角色。
9 现代农业研究：为现代农业经营主体的实践服务，为加快新型农业现代化服务。从发展现代农业的实际需求出发，重点进行农业发展战略、农业可持续发展、生态农业、农村生态环境保护、农业产业化、农业系统工程、农业机械化和信息化等领域的研究。
10 产业经济研究：以产业为研究起点，主要研究产业政策、科技进步、人力资源、资金与企业等要素资源流动、空间发展与经济绩效的学科以及产业的动态变动规律，主要包括产业结构、产业组织、产业发展、产业布局和产业政策等。
11 两岸生态文化研究：从事两岸文化生态内涵、文化生态品位和内在品质、两岸生态文化和经济建设等方面的专项研究。以福建、香港、台湾三地为依托，围绕两岸的社会和谐、文化发展、生态保护，在两岸经济发展中发挥出积极作用。
